Şehirde üç üniversite vardır. Bunların ikisi vakıf , biri devlet üniversitesidir. Şehrin kendi adıyla anılan Mersin Üniversitesi, 1992 yılında açılmıştır. Şu an bünyesinde 11 adet fakülte ve 8 adet meslek yüksekokulu ile 20.000 öğrenci barındırmakta olup, gelişmekte olan bir üniversitedir. İldeki bir diğer üniversite ise Yenice'de bulunan Çağ Üniversitesi'dir. Son açılan üniversite ise Toros Üniversitesi'dir.