Darbe sonrasında, resmi olarak 700'den fazla kişi öldürüldüğü açıklandı. Ancak bu rakamın gerçek sayıyı yansıtmadığı düşünülmektedir. Darbe sonrası kurulan Millî Güvenlik Konseyi (MGK), ölümlere ilişkin bilgilere kamuoyunun erişimini engelledi. Bu nedenle, birçok insan kayıp olarak kabul edildi ve gerçek ölüm sayısı bilinmiyor.
Darbe sonrasında işkence ve kötü muamele sonucu hayatını kaybedenlerin sayısı da tam olarak bilinmiyor. MGK, işkence ve kötü muamele iddialarını reddetti. Ancak, darbenin ardından yüzlerce kişi işkence ve kötü muamele sonucu hayatını kaybettiği iddia edildi.
Darbe sonrasında hapishanelerde hayatını kaybedenlerin sayısı da tam olarak bilinmiyor. MGK, hapishanelerde ölümlerin doğal nedenlerden kaynaklandığını iddia etti. Ancak, darbenin ardından yüzlerce kişi hapishanelerde açlık grevi, intihar ve hastalık gibi nedenlerden hayatını kaybettiği iddia edildi.
12 Eylül Darbesi, Türkiye tarihinin en karanlık dönemlerinden biridir. Darbe, binlerce insanın hayatını kaybetmesine ve çok sayıda insanın işkence ve kötü muamele görmesine neden oldu.